ISTILAH DNA SATELIT DAN PERBEDAANNYA DENGAN MINISATELIT DAN MIKROSATELIT

Judul Topik : Istilah DNA satelit dan perbedaannya dengan minisatelit dan mikrosatelit

Nama : Tri Yuni Indah Wulansari

NIM : B1J006040

Kelas : B1

E-mail : asyonkmo2n@yahoo.co.id

Web : www.asyonk.wordpress.com

Jenis topik : B1-AG11

Ringkasan :

Repetitive DNA atau segmen DNA yang berulang adalah salah satu aspek dari genome yang tidak dapat diuji secara mendetail. Repetitive DNA ditemukan pada semua organisme termasuk manusia. Salah satu tipe dari repetitive DNA adalah Tandemly Repeated DNA (TR DNA) yang sangat umum terdapat pada genome eukariotik dan terdapat pula pada genome prokariotik dengan frekuensi yang lebih sedikit. TR DNA disebut juga satelit DNA karena pada saat dilakukan fraksinasi genome DNA dengan uji gradien kerapatan, fragmen-fragmen DNA yang banyak mengandung sekuen berulang secara berurut berada pada daerah pita satelit (daerah di luar pita utama). Hal ini dibuktikan dengan melakukan pemotongan genome manusia pada fragmen 50-100 kb, setelah dilakukan sentrifugasi dihasilkan 1 pita utama dan 3 pita satelit. Daerah pita utama terdiri dari single-copy DNA dan memiliki kandungan GC yang mendekati rata-rata genome manusia. Sedangkan pita satelit memiliki fragmen DNA berulang sehinggga memiliki kandungan basa dan daya ambang yang berbeda dengan umumnya genome manusia. Oleh karena adanya perbedaan daya ambang, pita satelit terpisah dari daerah pita utama.

Gb. 1. DNA satelit pada genome manusia, mempunyai kandungan basa dan daya ambang yang berbeda dengan single copy DNA sehingga dapat bermigrasi

Sumber: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5499

DNA satelit yang ditemukan pada manusia salah satunya adalah alphoid DNA (α-DNA). α-DNA ditemukan di daerah sentromer kromosom. Meskipun DNA satelit tersebar di seluruh genome, namun sebagian besar berada di daerah sentromer dan memungkinkan terjadinya pengikatan protein pada sentromer.

Gb. 2. Gambar α-DNA yang terdapat pada genome manusia dan terletak di daerah sentromer kromosom

Sumber : http://www.blackwellpublishing.com/korfgenetics/jpg/300_96dpi/Fig6-9.jpg

Minisatelit dan mikrosatelit adalah tipe lain dari TR DNA. Meskipun tidak tampak pada daerah pita satelit ketika dilakukan pengujian, namun minisateli dan mikrosatelit juga dimasukkan dalam DNA satelit. Kemungkinan yang menyebabkan tidak tampaknya minisatelit dan mikrosatelit pada pita satelit adalah jumlah repeat DNA yang sedikit. Minisatelit mempunyai unit ulangan mencapai 25 pb sedangkan mikrosatelit berkisar 13 pb ke bawah. Oleh karena itu, mikrosatelit disebut jugqa Short Tandem Repeat.

Minisatelit mempunyai asosiasi yang penting pada struktur kromosom. Telomer DNA manusia mengandung minisatelit dengan motif 5’-TTAGGG-3’. Sedangkan contoh dari mikrosatelit ditemukan pada lokus reseptor β sel-T manusia. Contoh dari mikrosatelit adalah

Gb. 3. Lokus mikrosatelit yang terdiri dari ulangan basa CA

Sumber: http://www.informatics.jax.org/silver/images/figure8-10.gif

Minisatelit dan terutama mikrosatelit mempunyai tingkat keragaman yang rendah. Oleh karena itu, banyak yang menganggap minisatelit dan mikrosatelit tidak fungsional (junk DNA). Namun, hasil sekuen terbaru terhadap beberapa genome menunjukkan bahwa repeat-DNA tidak hanya terdapat pada daerah intron tapi ditemukan juga pada promoter dan daerah coding. Dari sini, timbul suatu analisis apabila repeat-DNA banyak pada daerah exons (>30%) memungkinkan terjadinya fenomene dimana variasi genetic antar organisme dapat dipengaruhi oleh repeat-DNA selain Single Nucleotide Polymorphism (NSP) yang selama ini diketahui. Hal ini juga didukuing oleh suatu bukti bahwa tidak ada satu organisme pun yang mempunyai kandungan mikrosatelit yang sama dengan organisme yang lain. Ini berarti, untuk ke depannya mikrosatelit dapat digunakan untuk mengetagui hubungan kekerabatan, sidik jari dan analisis forensic (Legendre, et. all, 2007)

Gb. 4. Gambar minisatelit (atas) dan mikrosatelit (bawah) yang menunjukkan hubungan kekerabatan antara orang tua dan anak

Sumber : http://www.vivo.colostate.edu/hbooks/genetics/medgen/dnatesting/fprint_singleloc.gif

DAFTAR PUSTAKA

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes

http://www.vivo.colostate.edu/hbooks/genetics/medgen/dnatesting/fprint_singleloc.gif

http://www.informatics.jax.org/silver/images/figure8-10.gif http://www.blackwellpublishing.com/korfgenetics/jpg/300_96dpi/Fig6-9.jpg

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5499

http://www.vivo.colostate.edu/hbooks/genetics/medgen/dnatesting/fprint_multiloc1.gif

Diakses tanggal 24 september 2008 pukul 13.00 WIB

SITUS TERKAIT

http://www.geocities.com/jsonnentag/iguana/microsat.htm

www.genome.org/cgi/content/full/17/12/1787

Diakses tanggal 24 september 2008 pukul 13.00 WIB